共有47種疾病可以申請辦理門診慢特病：惡性腫瘤、高血壓病3級（有心、腦、腎、眼并發癥之一）、糖尿病（合并心、腎、眼、足、神經病變之一）、冠心病、腦血管意外（包括腦出血、腦梗塞、蛛網膜下腔出血）后遺癥康復治療、血友病、精神分裂癥、肺結核、系統性紅斑狼瘡（有心、肺、腎、腦及血液系統并發癥之一）、慢性再生障礙性貧血、肝硬化、帕金森病、肺心病（出現右心衰者）、風濕性心臟病（心功能Ⅲ級）、哮喘、類風濕關節炎、慢性乙型肝炎、原發免疫性血小板減少癥（ITP）、多發性硬化癥、重癥肌無力、肝豆狀核變性、多發性骨髓瘤、系統性硬化癥、視神經脊髓炎譜系疾病、垂體瘤、克羅恩病、癲癇、阿爾茨海默病、中重度銀屑病、肺動脈高壓、地中海貧血、慢性阻塞性肺疾病、惡性腫瘤晚期惡病質（家庭病床）、植物狀態（家庭病床）、晚期血吸蟲病、腎病綜合征、抑郁癥（重度）、強直性脊柱炎、前列腺增生癥、器官移植后抗排異治療、子宮內膜異位癥（術后6個月內）、艾滋病、慢性腎功能衰竭（門診透析治療）、兒童腦性癱瘓（0～7歲）、小胖威利癥、苯丙酮尿癥（PKU限0～14歲）、塵肺病。